EXでの変更点･新要素

EX化により、技カード・属性を考えてデッキを組む必要がでてきた。
そのため強力技カードの使用や、高スピード高アタックキャラクターのごり押しだけでは勝てなくなった。

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タイプ

[アグレッシブ]

指定された攻撃回数の所まで押し込めば技カード発動。
その際は攻撃不可、また２回目は無い。

[タクティカル]

指定されたラウンド開始時になったら技カード発動。
（カウンターの感覚だと、書いてあるラウンドから１引いたラウンドに発動）

[カウンター]

今まで通りの使い方。
ファイナルラウンドでパワーがなくなっても技カードは使えない。
応援怪獣が一体、あるいは全く呼べないカードもあるが、
いままでの 無茶な技タイミング（ダメージ９０％） が、無くなった代わりと言える。

属性

一部の必殺技に属性が付加され、キャラクターにも新たに得意・苦手属性が追加された。
①属性必殺技と属性耐性はカード記載され、またゲーム中も表示されている
②得意な属性であればダメージが減り、苦手な属性だとダメージが増える
③属性にも強さ「すごい」「ものすごい」があり、強い属性はそのマークが○で囲まれている
　（例:エレキング）
④連打する必殺技(クロートラップ、残酷ムチラッシュなど)であれば、属性の効果がより強く現れる

バトル全体

①全体的に文字が大きくなり、応援怪獣登場･必殺技パワーなど、バトル説明が細かくなった。
②「アタックチャーンス！」の掛け声が変更。（人はかわっていない）
③スキャンのロード時間などが短縮。
④ラウンド６まで増え、その次のラウンド（７ラウンド目）がファイナルラウンドとなった。
⑤戦闘ＢＧＭの種類が増加した。
⑥ファイナルラウンドではお互いのパワーを１０まで減らし、
　全ステータスにその分の数値をそのまま付加する。（平均で割らない）
（ファイナルラウンドボーナス＝残りの応援怪獣の数×２００＋残りの体力）
　ちなみに、ファイナルラウンドにおいて注意すべき点があるので記載しておく。
　　・応援怪獣が戦っていると、強制的にリーダーの怪獣に戻されてしまう
　　・怪獣型は、スピードゲージがありえないほど速くなる

スピードバトル

①スピードゲージの型でゲージの形が違う。また大きさもコンパクトになった。
②ＭＡＸでゲージをとめると、カードをスキャンした時のＳＥが流れる

スクロール型（MONSTER型）

爪をイメージしたような、下から画面真ん中へと伸びるゲージ

上下伸縮型（ALIEN型）

メフィラスの頭部をイメージしたような、下から真上へ伸びるゲージ

上下伸縮＋α型（バルタン型）

バルタンのハサミをイメージしたような形で、下から真上へ伸びる

アタックバトル

①バーの形が最初から両矢印に変更
②攻撃回数が大きな四角･文字に変更
　アグレッシブの場合、技カード使用タイミングを示す部分が黄色くなる
③押し合いのエフェクトが、ドラゴンボールの必殺技のようになった。
コマンドバトル
①攻撃回数は半円形に並べて表示される。
②ガードができなくても、常にガードボーナスが表示
③アタックに/0がある怪獣だと、クリティカルチャンスが たまに 発動
　成功するとダメージ量が増大するが、クリティカルチャンスのところを防御されると、他がHITしていても0ダメージになってしまう。0ダメージでも応援怪獣は倒せる。
（カネゴン　ネロンガ　ベムスター ウインダム　メトロン星人など）
④防御に失敗すると、半円形が崩れ落ちる。

コンボ＆スーパーコンボ

①コンボ発動の際には、コンボが揃う画面が表示されてから「コンボ発動！」と表示される（ＥＸ化以前は「コンボ発動！」が先だった）。
②スーパーコンボを発動するとスロットが表示され、それを止めることで必殺技の威力を決定する。
　どのボタンで押しても構わない。色によってのダメージの差は、ない。
ストーリーモード
①新たにクリアミッションが追加され、ゲーム性がアップしている。
　（FERと違い、その場でのミッション。ミッション失敗しても、 敵を倒せば 今のところゲームに影響は無い。）

認定モード

①「EX認定モード」に変更され、「EXランク」が設立。
②「EXランク」になるとミラー怪獣のステータスがAll+100となる。
③「Aランク」、「Bランク」に認定されても2戦目が行なえるようになった。
　その際に登場するコピー怪獣は、「Aランク」ならメイン＋応援1匹が、「Bランク」ならメインのみが
　登場して勝負を仕掛けてくる（勝てば、今まで同様にコピー怪獣が登録される）。
その他
①デフォルトキャラクター、デフォルトコンボの変更。
　（エレキング・バルタン星人（ベーシカル）、メルバ）
②読み上げる声優の声が明るくなった。
　（第4弾までのキャラへの声は変わっていない。）
③怪獣をスキャンした時の鳴き声や効果音が普通通りになっている。
　（第4弾までは音が若干低めにされていた）