すいませんzipの中に入れ忘れました。

Hubbard.cppは、数値的に教科書(4.12)〜(4.15)までの式を定義したものです。特にフーリエ変換は使っていません。
新しくcomplex.hというのを使ったので、複素数の計算ができるようになりました。これでだいぶプログラムが楽だと思います。

fft.hは前に伊藤君があげたfft2dc.hを少し変えたものです。1次元のフーリエ変換もできるようにしてあります（多分）。

fft3.cppはフーリエ変換のテストを兼ねたファイルです。また、配列多分正確には配列の先頭のアドレス）を引数とすることでフーリエ変換を行ってくれるような関数を作りました。フーリエ変換をする時に、いちいちポインタを使った定義とかをしなくていいようになっているので、この方が楽だと思います。