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NEO第7弾で新章突入によりストーリーが一新され、CGと実写(TV版)のコラボと連動したストーリーモードとなった。
呼称を「サーガモード」という。※今までのストーリーは遊べない
またイーヴィルストライカーというシステムが導入されていたり、ミッション以外の隠し要素も含まれている。
プレイヤーをサポートしてくれるウルトラストライカーは、各エピソードで固定されている。
攻略法については、ストーリーモード攻略(NEO)を参照。
呼称を「サーガモード」という。※今までのストーリーは遊べない
またイーヴィルストライカーというシステムが導入されていたり、ミッション以外の隠し要素も含まれている。
プレイヤーをサポートしてくれるウルトラストライカーは、各エピソードで固定されている。
攻略法については、ストーリーモード攻略(NEO)を参照。
NEO第7弾～
前編
エピソード１
バキシム（火炎放射） エースロボット（ストロングラッシュ）
ウルトラストライカー：ウルトラマンエース
ミッション：ウルトラマンエースと協力してエースロボットを倒せ！
ミッション：ウルトラマンエースと協力してエースロボットを倒せ！
エピソード２
インペライザー（ダークサテライトファイア） バキシマム（紅蓮火炎弾） イーヴィルストライカー：エースロボット
ウルトラストライカー：ウルトラマンメビウス
ミッション：インペライザーを倒せ！
特殊イベント：メカザム乱入（スーパーコンボが発動し、メカザムが相手に必殺技を決めてくれる）
ミッション：インペライザーを倒せ！
特殊イベント：メカザム乱入（スーパーコンボが発動し、メカザムが相手に必殺技を決めてくれる）
エピソード３
ナース（ナースボディアタック） 恐竜戦車（ダイノソアビーム） モチロン（モチロンボイラー） イーヴィルストライカー：エースロボット
ウルトラストライカー：ウルトラマンタロウ
ミッション：３ラウンド以内にナースを倒せ！
特殊イベント：モチロン説得（タロウがモチロンを説得。以後、相手のチームからモチロンが外れる）
ミッション：３ラウンド以内にナースを倒せ！
特殊イベント：モチロン説得（タロウがモチロンを説得。以後、相手のチームからモチロンが外れる）
中篇
エピソード４
ゼットン（一兆度の火球） ジェロニモン（無重力光線） イーヴィルストライカー：にせウルトラマン
ウルトラストライカー：ウルトラマン
ミッション：ゼットン、ジェロニモンに攻撃を決めろ！
特殊イベント：ウルトラマン救出（以後、ウルトラストライカーとして登場）
ミッション：ゼットン、ジェロニモンに攻撃を決めろ！
特殊イベント：ウルトラマン救出（以後、ウルトラストライカーとして登場）
エピソード５
ブラックキング（フルパワーヘルマグマ） ベムスター（スターコンビネート） イーヴィルストライカー：にせウルトラマン
ウルトラストライカー：ウルトラセブン
ミッション：ブラックキング、ベムスターに必殺技を決めろ！
特殊イベント：ウルトラセブン救出（以後、ウルトラストライカーとして登場）
ミッション：ブラックキング、ベムスターに必殺技を決めろ！
特殊イベント：ウルトラセブン救出（以後、ウルトラストライカーとして登場）
エピソード６
カブト・ザ・キラー（クロー・スライサー） イーヴィルストライカー：にせウルトラマン
ウルトラストライカー：ウルトラマンジャック
ミッション：カブト・ザ・キラーにウルトラフィニッシュを決めろ！
特殊イベント：グランデ乱入（スーパーコンボが発動し、レッドキングが相手にヴォルガニックインパクトを決めてくれる）
ミッション：カブト・ザ・キラーにウルトラフィニッシュを決めろ！
特殊イベント：グランデ乱入（スーパーコンボが発動し、レッドキングが相手にヴォルガニックインパクトを決めてくれる）
後編
エピソード７
サラマンドラ（サラマンダーテイル） ベロクロン（ゼンメストロアタック） イーヴィルストライカー：ウルトラマンシャドー
ウルトラストライカー：ウルトラマン80(ラウンド3から)
ミッション：サラマンドラにウルトラフィニッシュを決めろ！
ミッション：サラマンドラにウルトラフィニッシュを決めろ！
エピソード８
巨大ヤプール（ストレートショット）
ウルトラストライカー：なし
ミッション：必殺技レベル3で巨大ヤプールを倒せ！
特殊イベント：ウルトラ兄弟の援護（必殺技パワーがＭＡＸまで溜まる）
ミッション：必殺技レベル3で巨大ヤプールを倒せ！
特殊イベント：ウルトラ兄弟の援護（必殺技パワーがＭＡＸまで溜まる）
エピソード９
ウルトラマンベリアル（ベリアルデスサイズ）
ウルトラストライカー：ウルトラマンゼロ
ミッション：ウルトラフィニッシュでウルトラマンベリアルを倒せ！
特殊イベント：ウルトラマンゼロ登場（ラウンド３以後、ウルトラストライカーとして登場）
ミッション：ウルトラフィニッシュでウルトラマンベリアルを倒せ！
特殊イベント：ウルトラマンゼロ登場（ラウンド３以後、ウルトラストライカーとして登場）